在藻类污水的处理中，为了降低投药量，减少对环境的危害，并且提高除藻除浊效果，可以将聚合氯化铝与复合型生物絮凝剂复配使用，藻类的表面带有负电荷，其代谢产物吸附在胶体颗粒表面后增加了颗粒的负电性。
 聚合氯化铝铁的水解产物带正电荷，可以中和藻类表面的负电荷，是藻类的负电性降低，同时复合型生物絮凝剂的絮凝活性成分具有良好的水溶性，在水中呈线状伸展后可对颗粒物质进行搜集，发挥其吸附架桥作用，在聚合氯化铝铁与复合型生物絮凝剂的协同作用下，藻类物质逐渐凝聚、增大，形成矾花并沉降。所以将聚合氯化铝铁与复合型生物型絮凝剂复配使用可以显著降低投药量，且对浊度的处理效果好，经过处理后绝大部分藻类被去除。
    聚合氯化铝不仅具有强烈的凝聚除浊效果，而且也具有明显脱色及去除腐殖质的效果。在相同处理条件下达到絮凝作用，聚合铝所需剂量比传统铝盐要减少2/3之多。此外，聚合氯化铝使用的pH范围比传统铝盐要宽的多。在相同剂量条件下，使用聚合氯化铝能够获得比传统铝盐更低的残余浊度，因而可以以较低剂量得到相同的处理结果。 聚合氯化铝的净化处理效果特别明显，特别是在处理高浊度水时，低温低浊度水时，处理效果比明矾、聚合氯化铝、聚合硫酸铁、三氧化铁效果好。对于低温低浊度水，可不加碱性助剂和其它混凝剂，有无法比拟的效果。另外，聚合氯化铝的混凝效果除表现为剩余浊度色度降低外，还有絮体形成块，吸附性能高，泥渣过滤脱水性能好等特点。